Appel à candidatures
Contrat à durée déterminée: du 11 janvier 2027 au 31 décembre 2029
Lieu de travail : Université Paris Cité – Laboratoire CERMES3 et Institut Pasteur
Description du projet :
Le projet « Archaeology of Disappeared Pathogens » (ArchPath) retrace les histoires biologiques et sociales étroitement liées de l’endémisme et de l’éradication des fièvres entériques (typhoïde et paratyphoïde B) dans la France d’après-guerre. S'appuyant sur les archives de typage phagique de l'Institut Pasteur, le projet combine des analyses en histoire, en humanités numériques, en microbiologie et en épidémiologie afin de cartographier l'évolution de l'incidence et de la diversité de la typhoïde et de la paratyphoïde à la lumière des mouvements de population de l'après-guerre, des efforts concertés d'éradication et de l'utilisation croissante des antimicrobiens. L’accent sera principalement mis sur la période comprise entre la fin de la Seconde Guerre mondiale et la guerre d’Algérie (1947-1962). ArchPath s’articule autour de cinq axes de recherche :
1. Où se situaient les foyers endémiques persistants de transmission des maladies entériques ?
2. Ces foyers endémiques étaient-ils associés à des souches microbiennes distinctes (types de phages) ?
3. Quels sont les facteurs socio-économiques associés à l’endémicité et à l’incidence des différents types ?
4. Comment l’incidence globale de la typhoïde et de la paratyphoïde B, ainsi que la diversité des types, ont-elles été influencées par les campagnes d’éradication, les nouvelles technologies (par exemple, les vaccins, les antimicrobiens) et les bouleversements socio-historiques (par exemple, les migrations de masse) ?
5. Dans quelle mesure la surveillance de la santé publique française était-elle exhaustive?
L’analyse menée par ArchPath sur l’épidémiologie historique des agents pathogènes entériques, leur biologie en constante évolution, les facteurs sociaux à l’origine des changements biologiques observés et les biais de surveillance permettra de reconstituer un moment charnière de l’expansion de la santé publique en France et de mettre en lumière les déterminants essentiels d’une éradication réussie de la maladie. En combinant l’évaluation quantitative et qualitative des données microbiologiques et de santé publique, le projet établira également des liens importants entre les sciences humaines, les sciences sociales, la microbiologie et la santé publique. ArchPath est financé par le programme « Investissement d’Avenir » du gouvernement français, mis en œuvre par l’Agence nationale de la recherche (ANR) – ANR-21-EXES-0002, FIRE UP, dans le cadre de son programme « Cross Cutting Edges » (CCE).
Profil du candidat
Le post-doctorant travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs principaux, Claas Kirchhelle (CERMES3, https://www.bugsdrugs.org/) et François-Xavier Weill (Institut Pasteur, https://research.pasteur.fr/fr/team/enteric-bacterial-pathogens/ ) sur la numérisation des sources, la reconstruction spatio-temporelle de l’évolution des foyers épidémiques et l’analyse historique (archives nationales et locales, sources publiées, entretiens d’histoire orale) des interventions de santé publique associées. Au moins 6 mois de ce projet de 2 ans seront consacrés à une présence au sein de l'Enteric Bacterial Pathogens Laboratory (EBPL), sur le campus de l’Institut Pasteur, où le candidat suivra une formation à l’analyse des données microbiennes.
Exigences indispensables :
- Excellente maîtrise du français et de l’anglais
- Doctorat en histoire, sciences sociales, géographie, humanités numériques, épidémiologie ou dans une discipline apparentée.
- Disponibilité pour se déplacer en France métropolitaine afin d’effectuer des recherches d’archives, de mener des entretiens et de présenter les résultats de recherche.
Qualités recherchées :
- Une expérience préalable dans les humanités numériques, la conception de bases de données et/ou l’analyse de tendances spatio-temporelles (par exemple via ArcGIS).
- Des connaissances en histoire de la médecine, des sciences, de la technologie, en histoire de l’environnement et/ou en histoire française moderne et contemporaine.
Procédure de candidature :
Les candidats intéressés sont vivement encouragés à contacter claas.kirchhelle@inserm.fr avant de déposer leur candidature officielle.
Pour que leur candidature soit recevable, les candidats doivent envoyer les documents suivants à l'adresse claas.kirchhelle@inserm.fr avant le 31 juillet 2026.
· CV (3 pages maximum, police Arial taille 11),
· lettre de motivation (1 page, police Arial taille 12),
· deux exemples de travaux écrits (article ou chapitre publié),
· les coordonnées de deux références connaissant bien le travail du candidat.
Les candidats présélectionnés seront invités à participer à un entretien en ligne avec les chercheurs principaux Kirchhelle et Weill. L'entretien aura lieu début septembre 2026. Il se déroulera en anglais.
En raison de la nature sensible des travaux menés sur le campus Pasteur, le candidat retenu fera ensuite l'objet d'une vérification de sécurité par les services de sécurité français. Seuls les candidats ayant passé cette vérification avec succès seront autorisés à prendre leurs fonctions. La date présumée de prise de fonction est le 11.01.2027.
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Post-doctoral Position in History of Medicine, Social Sciences, and Geography
Call for applications
Fixed-term, full-time: 11.01.2027 to 31.12.2029
Place of work: Université Paris Cité – CERMES3 Laboratory and Institut Pasteur
Project Description:
Archaeology of Disappeared Pathogens (ArchPath) reconstructs the interwoven biological and social histories of enteric fever (typhoid and paratyphoid B) endemism and eradication in post-war France. Drawing on the extensive phage-typing records of Institut Pasteur’s Enteric Bacterial Pathogens Laboratory (EBPL), the project combines cutting-edge historical, digital humanities, microbiological, and epidemiological analysis to map evolving typhoid and paratyphoid incidence and diversity in light of post-war population shifts, concerted eradication efforts, and rising antimicrobial usage. A key focus will be on the period between the end of World War Two and the Algerian War (1947-1962). ArchPath has five inquiry lines:
1. Where were persistent endemic hotspots of enteric disease transmission located?
2. Were endemic hotspots associated with distinct microbial strains (phage types)?
3. What are the socio-economic factors associated with endemicity and type incidence?
4. How were overall typhoid and paratyphoid B incidence and type diversity impacted by eradication campaigns, new technologies (e.g. vaccines, antimicrobials), and socio-historical disruptions (e.g. mass migration)?
5. How comprehensive was French public health surveillance?
ArchPath’s interrogation of enteric pathogens’ historical epidemiology, evolving biology, social drivers of observed biological shifts, and surveillance biases will reconstruct a pivotal moment of French public health expansion and cast light on core determinants of successful disease eradication. By merging the quantitative and qualitative evaluation of microbial and public health data, the project will also build important bridges between the humanities, the social sciences, microbiology, and public health. ArchPath is financed by the French Government’s Investissement d’Avenir programme, which is implemented by the Agence Nationale de Recherche (ANR) – ANR-21-EXES-0002, FIRE UP as part of its program Cross Cutting Edges (CCE).
Candidate Profile
The postdoctoral candidate will work closely with principle investigators Dr Claas Kirchhelle (CERMES3, https://www.bugsdrugs.org/) and Prof François-Xavier Weill (Institut Pasteur, https://research.pasteur.fr/fr/team/enteric-bacterial-pathogens/ ) on digitising source material, the spatio-temporal reconstruction of shifting disease hotspots, and the historical analysis (national and local archives, published sources, oral history interviews) of associated public health interventions. At least 6 months of the 2 year project will be spent within EBPL on the Institut Pasteur campus where the candidate will receive training in microbial data analysis.
Essential Requirements:
- Very good language skills in French and English
- A completed doctoral degree in history, the social sciences, geography, digital humanities, epidemiology, or a related discipline.
- Ability to travel in metropolitan France to conduct archival research, interviews, and present research results.
Desired Characteristics:
- Previous experience in digital humanities, database design, and/ or spatial-temporal trends analysis (e.g. via ArcGIS).
- Knowledge of the history of medicine, science, technology, environmental history, and /or modern and contemporary French history.
Application Procedure:
Interested candidates are strongly encouraged to contact claas.kirchhelle@inserm.fr ahead of a formal application.
For the formal application, candidates must send the following materials to claas.kirchhelle@inserm.fr by July 31st, 2026.
- CV (maximum 3 pages, Arial size 11),
- letter of motivation (1 page, Arial size 12),
- two writing samples (published article/ chapter),
- and contact details for two referees, who know the candidates work.
Short-listed candidates will be invited to participate in an online interview with PIs Kirchhelle and Weill. The interview will take place in early September 2026. The interview will be conducted in English.
Due to the sensitive nature of work on the Pasteur campus, the selected candidate will subsequently be vetted by the French security services. Only candidates, who have passed this vetting will be allowed to take up the post. The envisioned start date is January 11th, 2027.
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